方法不当，可能将耵聍推向耳道深部，形成耵聍栓塞，导致听力减退，压迫鼓膜引起耳鸣，眩晕。用力过猛，可能导致鼓膜穿孔，听力下降，甚至并发中耳炎。
用不干净的挖耳勺、长指甲等挖耳，易挖出细微的伤口，很容易造成外耳道真菌感染。共用挖耳工具，会传染疾病，最常见的是人乳头状瘤病毒，引起外耳道乳头状瘤。
经常挖耳朵还会引起耵聍分泌异常，耵聍可能会越来越多，新分泌的耵聍会由原本的片状变成碎屑状，从而降低保护耳朵的能力，还会破坏外耳道皮肤表面的天然油脂保护层，引起耳道干燥结痂、霉菌滋生、耳道奇痒、耳道狭窄等不良后果。实际上健康的外耳道本身具有自洁功能。所以,一般情况下不建议自行掏耳。
由于耵聍一般积聚在外耳道，若人们总是用棉花棒清理，会将耳垢推向耳朵深处，造成阻塞。平常可用棉花棒清理耳朵周围即可，不要插入耳道中。